Кайрат Капарович занимал должности первого вице-министра сельского хозяйства Республики Казахстан, заместителя акима Карагандинской области, заместителя председателя правления национального управляющего холдинга «КазАгро».
Также возглавлял Совет директоров Национального аграрного научно-образовательного центра и был председателем правления Казахского агротехнического университета имени С. Сейфуллина
Кроме того, Кайрат Айтуганов руководил проектом Международного банка реконструкции и развития, работал руководителем аппарата, занимал ответственные должности в СПК «Оңтүстік» и Федерации профсоюзов Республики Казахстан